Les frais de la médiation sont répartis de façon consensuelle entre les parties, comme dans le cadre de la médiation conventionnelle. (art. 22 de la loi n° 95-125 du 8 février 1995)

A défaut d'accord, la répartition se fait à parts égales. Le juge peut toutefois fixer une autre répartition, eu égard à la situation économique des parties.
Dans le cas où l'une des parties à la procédure bénéficie de l'aide juridictionnelle, les frais de médiation seront supportés par l'Etat, sous réserve des dispositions de l'article 50 de la loi du 10 juillet 1991, énumérant les cas de retrait de l'aide juridictionnelle.
Toutefois, il convient de préciser que l'article 123-2 du décret du 19 décembre 1991 portant application de la loi du 10 juillet 1991 relative à l'aide juridique dispose que l'accord des parties ne peut mettre à la charge du bénéficiaire de l'aide plus de la moitié des dépens de l'instance, cette précision étant apportée dans le paragraphe relatif à l'aide juridictionnelle sur la charge des dépens.